故事发生在一个名为NewWorld Online的大型多人在线虚拟现实游戏中，在友人的推荐之下，从来没有玩过游戏的菜鸟少女梅普露（本渡枫 配音）第一次踏入了游戏世界之中。因为缺乏游戏常识，在最初的技能点分配中，梅普露将所有的技能点都点在了防御上，因此在误打误撞之中成为了无论怎样的攻击也无法给她造成伤害的“肉盾”型角色。　　在好友白峰理沙（野口瑠璃子 配音）的陪伴下，梅普露展开了自己的旅程。没有攻击力的梅普露很快就发现，自己在这个世界中，哪怕是一只等级为1的兔子都无法杀死，可同样的，因为她超群的防御力，等级比她高很多的敌人亦无法伤害到她分毫，这样的梅普露意外的成为了队伍之中不可或缺的重要存在。

故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。　　在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。　　然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。　　在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。　　而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转动……　　迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———　　所有的答案，都在「Link Vrains」中

世纪末即将来临，然而，这究竟是地球新的开始，亦或是真正的末日呢？这一切都掌握在“天龙”和“地龙”的手中。平凡而冷漠的少年司狼神威（铃村健一 配音）在某一日拔出了封印在地底的神剑，与此同时，他即将面临一个困难的选择——保护地球成为“天龙”，或是毁灭地球成为“地龙”。14名谜样的男女聚集到了东京的土地上，他们分别是天龙七封印和地龙七御史，这14名身世复杂的男女要为了争夺地球而展开一场残酷的战斗。                                                                    　　神威选择了成为天龙，而出现在他眼前的，地龙的首领居然是自己儿时的挚友桃生封真（诹访部顺一 配音），封真当着神威的面杀死了自己的妹妹小鸟（能登麻美子 配音），从此，两人之间的宿命开始了流转。天龙节节败退，最后仅剩东京铁塔上的结界还在维持着运作，而当此结界被打破时，就是地球的终结之日。被预言必将失败的神威，能否扭转地球的命运？

由于童年的经历，天野莓（悠木碧 配音）对糕点有着深深的喜爱和眷恋，成为一名出色的糕点师就是她的全部梦想。可是，随着年岁的增长，小莓发现，自己笨拙的身手无法胜任制作糕点这样精细的活计。在一次蛋糕展示会上，名叫安利（岸尾大辅 配音）的师傅却告诉小莓，她有着极高的烹饪天赋，但尚需发掘。安利推荐小莓进入圣玛丽学院进行修炼，在家人的鼓励和自己的反复思量之下，小莓终于下定了就读的决心。                                                                    　　在学院里，小莓认识了外表冷漠内心天真的“甜点王子”樫野真（冈本信彦 配音），成熟稳重的糕点店继承人安堂千乃介（浜添伸也 配音）和对小莓十分友善亲切的花房五月（代永翼 配音）。在他们的帮助下，小莓不断的提升着自己制作糕点的手艺，并和同学们结下了深厚的友谊。

高中生金田一可以说是全日本最白痴的高中生之一，上课老在睡觉，作业从来都是抄和他青梅竹马一起长大的美雪的，什么事情都由美雪帮他扛着。然而，阿一平凡普通的外表下却隐藏着一颗可能世界上最严密精细的头脑。他的爷爷金田一耕助是日本最有名的侦探之一，阿一遗传了爷爷的优秀基因，无论多 么高明的犯罪手法、多么狡诈的罪犯，在他面前都无所遁形！这一系列里，阿一和美雪将会遇到校园七不思议杀人事件、怪盗绅士杀人事件等一系列的恐怖杀人事件，阿一到底怎么拨开一宗宗看似毫无头绪的杀人案的迷雾？

“这怨恨，将带你落入地狱！”　　在青少年中流传着这样一个传说，有一个名叫“地狱通信”的网站，它只能在凌晨零点整链接成功，如果你的心中怀有足够的恨意，就能召唤出地狱少女，她会惩罚带给你痛苦的那个人，但同时，你也将永远背负上死亡的烙印，当你的生命结束之时，你将被流放到仇人所在的地狱之中。阎魔爱（能登麻美子 配音）表面上只是一个普通的少女，但她的另一个身份，即是可怕的地狱少女。当她接到网站委托时，便会沐浴更衣，带上代表契约的稻草人和三个随从——轮入道（菅生隆之 配音）、骨女（本田贵子 配音）以及一目连（松风雅也 配音）前往人间行使她的使命。她是谁？她带来的到底是救赎还是毁灭？这个充满罪恶物欲横流的世界里所隐藏着的秘密，被阎魔爱殷红的双眸尽收眼底。

故事从一艘黑夜中的赌船开始……男主角，伊藤开司，浑浑噩噩，一事无成，因为好心替人做了担保而背负上了数百万债务。为偿还欠款，开司接受怂恿上了一艘名为“希望之船”的渡轮，为的是参加一次神秘赌局，一旦获胜，就能将欠款一笔勾销。上到贼船后开司才发现，参与者多是如自己一般的失败青年。然后主办方便开出了赌局的规则：参与者须以标着“石头，剪刀，布”的扑克为道具，夺取对手身上的星星标志，赌局结束时，扑克牌未用完或星星少于三颗者将失去资格，而参赛初所能向主办方借贷的巨款，也成为让他们盈利或逃生的重要因素……

因为感觉到自己欠缺了某种制胜的关键因素，“不幸的天才击球手”儿岛弘道，与教练木野崎、投手中根一起，前往冲绳进行特训，在那里他们碰见了了号称赌博棒球从无败迹的谜样的男人——渡久地东亚。　　对于东亚的赌球行为深感愤慨的儿岛，提出与东亚进行一场名为ONE OUTS比赛——即击球手与投球手的双人对决。结果，身为天才职业击球手的儿岛，竟然惨败给了只有“三流投手”水平的东亚，同时他也深深领略到了这个男人的可怕之处。　　经过一段时间的山中修行，儿岛提出要以自己的职业生涯来赌东亚的右手，与东亚再赛一局。第二战中，拼尽全力的儿岛利用规则的漏洞，终于赢了未尝一败的东亚。　　“用那边的球棒，打断我的右手吧”，东亚按照约定伸出了自己的右手，却被儿岛紧紧握住：“谁说要打断它？我只说过要你的右手！来职业棒球的世界吧！”　　因为儿岛的关系，以投手身份进入LYCAONS球队的东亚，与球队董事、（株）彩珠组会长彩川桓雄定下了每出局一人得到五百万报酬，每失一分支付五千万罚金的疯狂赌约。　　只投直球，球速不过120公里的渡久地东亚，到底会给万年B级的弱旅LYCAONS带来怎样的奇迹呢？　　以棒球的世界为舞台，上演着超级智力的对决！在ONE OUTS的游戏中无往而不胜的男人——渡久地东亚，直觉？实力？魔术？投出无人能接住的球的秘密到底是——？

《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。　　决斗者王国篇　　一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。　　战斗城市前篇　　决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中。　　乃亚篇（动画原创）　　战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战即将展开。　　战斗城市后篇　　战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。　　多玛篇（动画原创）　　战斗城市结束后，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奥利哈刚的结界”拥有的黑暗能量，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精灵的世界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与精灵世界的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。　　海马集团大赛篇（动画原创）　　多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛。全世界的决斗者聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。　　王之记忆篇　　为了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在千年积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去，并且打败大邪神佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活。　　共有224集。

在宇宙的神秘角落，令界王神都闻风丧胆的可怕神明悠悠苏醒。他是破坏之神比鲁斯（山寺宏一 配音），漫长的39年沉睡中，比鲁斯梦见与传说中的赛亚人之神对决，而弗利萨被消灭的消息也引起了他对赛亚人的兴趣。为此，他和随从维斯（森田成一 配音）来到了界王星，寻找打败弗利萨的孙悟空（野泽雅子 配音）。孙君不顾界王（八奈见乘儿 配音）的劝阻，斗胆向比鲁斯发起挑战，结果遭遇实力悬殊的惨败。为求赛亚人之神的真相，比鲁斯再度造访地球。此时Z战士们正齐聚西部城市为布玛（鹤ひろみ 配音）庆生，派对上的美味食物引起比鲁斯和维斯的极大兴趣。事先知情的贝吉塔（堀川りょう 配音）小心应付，以防破坏之神毁灭地球，但是意外与战斗还是不可避免地发生了……　　传说中的赛亚人之神是否真的存在？地球的命运将会如何？