在1999年，一艘外星宇宙战舰坠落到了地球，人们用了了十年的时间修复并取名为MACROSS。2009年，MACROSS要塞正在举办一场偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会，突然空袭警报响起，要塞开始了变形。战斗中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶着变形战斗救下一名少女，战机却由于速度过快撞进外层舱室。安定后，辉发现救得是林明美。俩人相识后，为使明美高兴，辉偷开教练机带着明美去兜风。敌人趁机出现，好在朋友这时挺身相救，经过一场混战，辉和早濑未沙（土井美加 配音）醒过来，发现在一个荒芜的星球上。他们了解到，五十万年前，一个叫普罗多的古代文明发展到顶盛时，已经可以借遗传密码无性繁殖后代，于是国家分裂为由男性组成的杰特拉帝和由女性组成的赫而特兰帝开始了长达数万年的战争。在战争中文明急剧衰退了，曾经伟大的文化被遗忘殆尽，退化成了只会战斗的种族，为了维护和平，他们将会采取怎样的行动……　　《超時空要塞》是1982至83年间播出的一部电视动画，本片在其基础上精简改编而成。

ガーランドと出会い、自分たちの住む世界の真実を知り、そして屈辱を味わったあの日々から時を隔て、省吾は世間に背を向けるようにして暴走族の「トラッシュ」に身を寄せていた。世間は情報操作により戦時下とされ、事実、偽りの世界の外では侵略者デザルクとメガゾーンの激しい戦闘が展開されている。そんな時に全ての真実を知る唯一の人物である省吾は、以前Ｂ・Ｄと戦ったことが引き金となったのか、自暴自棄ともとれるような暴走行為を重ねていたのだった。　　いつものようにアジトで仲間たちと奔放な時を過ごす省吾。そんな時、彼は由唯との再会を果たす。しかし二人の間には、まるで見えない壁が大きく横たわっているかのような重い空気が流れていた。それは、理由も告げずに省吾が由唯の前から姿を消したからなのか。　　そんな時、突然ラジオからイヴのＳＯＳメッセージが流れてくる。　　イヴ…７Ｇのオペレーター…そしてガーランド。　　「よし、リベンジかましてやるぜ！」　　省吾はトラッシュのメンバーと共に軍部へと殴りこみをかける。失ったガーランドを奪い返すため、そして自分のために。　　いよいよメガゾーンは未来への迷走を始め、その混迷の色を強めていくのだった。

因战争连年，地球环境遭到破坏以致频临灭亡，人类被迫离开地球，五百年来一直生活在巨大太空船内的城市中；主控城市的电脑系统为免人类重蹈覆辙，特意隐瞒实情，让人类生活在虚拟二十世纪的社会中。飙车族矢作省吾从不关心社会及世界事物；他与同伴每天都在玩乐及飙车。直至有一天，他的一位旧朋友把一部神秘的超级电单车留了给他。这部名叫格兰度的超级电单车原来隐藏着一个重大的秘密。利用这部电单车，省吾发现了人类原来一直生活在巨大的太空船内，由一部名叫巴哈姆的超级电脑系统操控着…