故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人 配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？　　此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。

距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。　　此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……

经历了多次战争的人类，将大量科技封印。主人与超能力少女——乙HiME的契约模式，成为了各国保护自己的唯一选择。　　梦想成为乙HiME的少女西弗露•弗兰在列车上被绑架了。黑夜男子布鲁斯•瓦尔斯与仆人莱娜•尤奈妮亚将少女从恐怖分子手中救下。解救任务的成功，全拜乙HiME的参与所赐。但是，这片刻的和平没有维持多久。恐怖分子组织着下一次绑架行动，乙HiME的学校——加尔德罗贝学院亦在窥探西弗露的一举一动。一切都是因为西弗露神秘的身世，与其拥有的未知的力量。一直拒绝成为乙HiME的莱娜，不得不面对现实，用乙HiME的力量，结束这一切。　　人气动画《舞—乙HiME》前传OVA，最强的苍天之青玉的起源在这里揭示。