电影讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要毁灭地球的不明生物杀老师，担任全校最不被看好的班级3年E班的导师，与学生之间发生的故事。杀老师虽然是个有马赫级神速移动能力、以及奇怪触手的生物，却为学生竭尽心力、赴汤蹈火。使得本来弥漫诡异氛围的课堂，却成为3年E班终生难忘的回忆。而3年E班的同学们与杀老师以羁绊和真挚互动所守护的约定，也陪伴着他们到了7年后的未来。

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……　　“所以说过去的事情我不知道啦！”　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

霧の総旗艦・ヤマトを目指していたイ401の艦長・千早群像は、父、翔像の生存を知ると、父との再会という新たな目的を抱き北極海へと向かう。一方、メンタルモデルとして成長してきたイオナは、自らの出自を告げられたことでその過去に苦しめられてしまう。

在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？

半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运……

庞波小姐是干练的电影制作人。　　她能看出演员及工作人员的潜力，让他们发挥十二成才华，简直可谓大萤幕之子。　　尽管她日夜都在电影之城喵莱坞用心制片，拍的却尽是Ｂ级卖肉动作片……　　担任其助手的青年「电影痴」吉恩对此有疑问，而庞波小姐亲手策画的脚本　　就在某天交到了他手上。而且，导演还吩咐：「这部片子要交给你拍。」　　吉恩能拍出庞波小姐所说的「名作」吗。

2022年，天才编程者茅场晶彦所开发的世界最早的完全潜行专用装备设备《NERvGear》。　　这个革命性的机器给VR（假想现实）世界带来了无限的可能性。那之后经过了4年。。。。。　　《NERvGear》的后继品VR机为了对抗《AmuSphere》（第二代民用完全潜行机），发售了一个次世代的可穿戴设备《Augma》　　替换了完全潜行机能，是一个对AR（增强现实）功能进行了最大限度扩大的最先进机种。　　由于《Augma》在觉醒状态下也可以安全和便利地使用，因此一瞬间便在玩家当中传开了。　　这个杀手级内容，被叫做《Ordinal Scale序列之争（OS）》，是《Augma》专用的ARMMO RPG。　　亚斯娜和伙伴们会玩的这个游戏，桐人也准备参战了。。。。

为了想看鲸鱼的结衣，桐人等人一起挑战 ALO 世界的水中任务，但却发现莉法不会游泳的惊愕事实，于是亚丝娜、西莉卡、莉兹贝特等人决定在现实世界的室内游泳池为她做特训…...，而桐人要与某人见面。

二十世纪最后的夏天。那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。　　巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。　　移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭，飞船内的生存环境也越发恶劣，以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流，他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。　　然而，地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系，完全成为了一个未知世界。　　最终人类能否夺回地球？晴雄的命运又将如何？

21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。　　但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。　　拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。　　另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。