在战斗的最后取回了自己的世界，各自回到自己应在之处的Gatchaman=健、Tekkaman=城二、Polimar=武士、卡辛=铁也四人。　　但他们为了某个目的，而和笑一同再次跨越时空，降临同一个世界。　　那里，是威胁和平的人类之敌“恶魔党”大施淫威，与之对抗的Gatchaman率领的“科学忍者队”不停战斗的世界。　　但，在对于这个世界的样子感到违和感的他们面前，一个男人的身影出现了。那是科学忍者队的创设者南部博士。对本应相识的健露出诡异表情的南部，向英雄们说出了意想不到的话语。“看来你们似乎是我的敌人”……。　　此外，还有一个一直在楼顶窥视他们的身影。那是曾和健一同并肩对抗恶魔党的，科学忍者队No.2。　　其名为“神鹰乔”。　　四大英雄的全新激斗，将在银幕上拉开帷幕！

某五年制高专学校，可爱女孩叶泽里美（长泽雅美 饰）连续一个月旷课，还在制作的机器人上涂鸦。为避免暑期留校补习，她只得遵从机器人部的顾问图师隼人（铃木一真 饰）的安排加入机器人制作组，备战即将到来的机器人竞赛（Robo-Con）。里美所在的小组由天才机器人设计师相田航一（小栗旬 饰）和热情开朗的作战指挥四谷四郎（伊藤淳史 饰）组成，对于这个对机械没有丁点概念的女孩来说，一切都如此陌生，她只得从最简单的机器人操作做起。　　不久，超过60所高专参加的机器人竞赛来开序幕。未经充分磨合的小组、设计不够完善的作品，里美难忘的夏天就这样开始了……