上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

讲述尼莫船长和他充满传奇性的潜水艇“鹦鹉螺号”的起源故事。尼莫（沙扎德·拉蒂夫 饰），一个印度王子，他被剥夺了权利和家庭，成为东印度公司的囚徒，想要向夺走了自己的一切的势力复仇。此后他开始航海之旅，一边抵抗敌人，一边发现那些有魔力的水下世界。

在一个炎热而漫长的夏天，查理·博伊德，十六岁，青春活力。当一个家庭悲剧事件进入他的世界，查理感到很痛苦，他认为没有人可以帮他，他试图逃跑。绝望和孤独，直到他遇到Maggie，这个神秘的女人。于是查理进入她的生活，随之危险的关系慢慢展开，他们彼此不能离开谁。Maggie发现自己的不足，并为此付出代价。她可以给查理，并用它来治疗自己调皮捣蛋的男孩，他的情妇。