在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。　　三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……

本作的主人公是河合譲治，他是一名曾在剧本比赛中获奖但至今未能正式出道的剧作家。故事从他在一家萧条的酒吧遇到一位自称为直美的女性开始展开。某天，譲治代替剧本课程的讲师，接下了改编自谷崎润一郎的《痴人之爱》的电影剧本创作任务。在创作过程中，譲治苦于写作瓶颈，与直美再次相遇并在关系逐渐加深中，经历了一段既甜蜜又苦涩且疯狂的时光。