21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。　　几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。　　三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……

1995年8月8日，锦重工业小牧工厂航空事业总部为日本防卫厅研发的最新型直升机“Big B”即将试飞。该项目的重要参与者汤原一彰（江口洋介 饰）带着妻儿早早来到试飞场，准备见证这一激动人心的时刻。试飞前一段时间，汤原的儿子高彦（田口翔大 饰）登上直升机，而就在此时没有驾驶员Big B突然启动，带着男孩飞向空中，并最终悬停在新阳核电站上空。此后不久，自称“天空之蜂”的神秘人发出公告，要求立即废除全国的核电厂，否则将使Big B燃料耗尽后坠落在核反应堆中。时间一分一秒流逝，相关人士展开了对高彦的救援行动，而核电站的安危之间关系着全日本的命运……　　本片根据东野圭吾的同名原作改编。