元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。　　时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控制，她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印，之后更被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代……

在樱花烂漫的季节里，无忧无虑的草帽海贼团尽情享受快乐时光。途中乔巴救上了一个魁梧健硕的家伙，最引人注目的是他的右腕装配了用海楼石做成的机械手腕，凡是触碰过手腕的人均能力尽失。原来此人便是曾经培养出无数优秀弟子的原海军大将Z（大冢芳忠 配音）。苏醒后的Z得知路飞（田中真弓 配音）等人的身份后反目成仇，与随后赶来的下属艾伊（筱原凉子 配音）和宾兹（香川照之 配音）对草帽海贼团予以残酷无情的重创。原来Z因某件往事而对海贼极度憎恨，此时他正酝酿一项恐怖计划，势要带领“NEO海军”将新世界的海贼一举歼灭。他的行动引起海军本部的忌惮，而惨败的路飞等人也将向这个前所未有的敌人展开新的挑战……　　本片为同名漫画改编的剧场版动画，原著作者尾田荣一郎担任制作总指挥，艾薇儿演唱主题歌《How You Remind Me》和《Bad Reputation》。

就快放暑假了，小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。　　小咕会说人类的语言，几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他们一起洗澡，一起吃饭，一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕，小河童成了上原一家的秘密。　　一天，小咕提出想回家和伙伴们在一起。康一为了让小咕了解外面的世界，悄悄把它带了出去。小咕发现环境已经面目全非，大吃了一惊，这个不适合就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕难过，康一也不好受。他和小咕一起外出旅行，来到了还保存着河童传说的远野县。两人在美丽的大自然中找到了适合河童生活的地方，小咕愉快地在清澈的河里游了起来，康一也为它高兴。可是，在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千万呢！”，赶忙带着小咕离开了那里。　　回到家，康一讶异地撞见了一个小报记者。原来那人听说上原家养着一只河童，一定要拍照。小咕的秘密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司勒令一定要让河童上电视。为了上原一家，小咕答应参加电视节目。然而在到场嘉宾里，它看到了一个长得很像杀父凶手的人。就在小咕被恐惧包围的时候，电视节目现场发生了意外。它拼命逃到了外面，然而无论跑到哪里都会看到黑压压的人群。　　为了摆脱让它害怕的人类，小咕爬上了东京塔。夏季的烈日照得它精疲力竭。小咕俯瞰着城市，独自低语道：“哪里都找不到一个安静的地方，这里是人类的窝。我已经不行了。我要去爸爸那里……”