由于父辈之间是好友，个性开朗粗犷的少年树多村光（入野自由 配音）和月岛若叶（神田朱未 配音）成为了青梅竹马的好友，两人间有着以甲子园为舞台的美好约定。没想到，11岁时，若叶不幸落水身亡，在悲痛之中，光将两人的梦想默默的埋藏在了心底。作为若叶的妹妹，青叶（户松遥 配音）所感受到的悲伤是他人的数倍，可是，从小就热衷于棒球运动的她选择了咬紧牙关，以实际行动来祭奠姐姐的去世。　　转眼间，光升入了高中，为了完成和若叶的梦想，光加入了棒球队，没想到却被编入了毫无用武之地的“肥料组”。隔年，青叶也考入了同一所学校。在青叶的鼓励下，光和队友们开始了以甲子园为最终目标的严酷训练。只要不放弃棒球，我们就能够永远的在一起。只要我们能够聚在一起，那在角落里默默等待着的，代表着幸福的四片叶的三叶草，就绝对会有被发现的那一天。

高中生四月一日君寻（福山润 配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香 配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日君寻不得不在店里打工来付清欠款。此间，他结实了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉 配音）、厄运缠身的九轩葵（伊藤静 配音），以及一只造型怪异的名叫魔可拿的宠物。　　在打工的过程中，四月一日君寻接触了一系列与愿望有关的事件，他发现，这个世上有好的愿望，有坏的愿望，有单纯的愿望，却也有无论如何努力都无法达成的愿望。人性、命运、必然、偶然，这一切都在店主壹原郁子的掌控之中。

睦悟郎是个热爱动物、心地善良的青年，却总是遭遇不幸 公司倒闭、弄丢钱包、连走在路上都会撞到招牌…彷彿全世界的霉运都降临在他身上！某日，睦悟郎巧遇一个占卜师，人生从此由黑白变彩色！　　当睦悟郎回到家里，竟然有三个可爱的美少女迎接他！这三名自称为小兰、小翼与久留美的女孩，其实是悟郎过去饲养的金鱼、鸚鵡和黄金鼠。牠们在死后为了报恩，以人类的姿态现身，成为悟郎的守护天使，也开始了悟郎另一种苦难日子……

被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀请。他们很痛快的答应了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场大战即将开始......

The story of the movie is somewhat based on the plot of the most recent game, Sakura Wars 3, released back in March this year. While the game features Lieutenant Ohgami, the main character who takes off for Paris, narrates one side of the story, the movie unveils the secrets behind Hanagumi. Ohgami leaves for Paris, consequently leaving Hanagumi without a leader; thus a new character will be introduced here. To be replaced with Lieutenant Ohgami is the former leader of Hoshigumi, Rachette Artile - a rationalistic and distinct individual, who brings about serious problems to Hanagumi. The members are now in discord with Rachette. Meanwhile, Teikoku Kagekidan was being threatened by some irrelevant demons and a new type of anti-kouma mechas, (brought by an american company) appears and tries to replace the koubu-kai. Having made repeated mistakes due to the absence of Ohgami, Hanagumi is now faced with an unprecedented danger, while the abolishment of Teikoku Kagekidan Hanagumi is being schemed.

莉娜和娜卡正優閒自在地在可爾多倫城市內享受美食，一群龍之集團突然出現在她們的面前。率領龍之集團的美少女瑪蕾妮和可爾多倫的士兵們展開對決，莉娜她們就這麼不知所以然地被捲入這場騷動。不過，龍之軍團卻在莉娜要施展攻擊魔法時全數逃之夭夭。卡伯特城的領主卡伯特召見她，並述說事件的起因。因為看到莉娜的身手如此厲害，便拜託她幫忙，只要將其愛女瑪蕾妮帶回，就付賞金200枚金幣。但其實這一次騷動的原因是他的女兒要求提高零用錢不成所引起的。同一時刻，瑪蕾妮付給娜卡日薪，請她協助打倒她的父親。到了隔天，事態的演變卻越來越嚴重……　　莉娜在結尾被搶走錢幣之後，雖然立刻用「覇王雷撃陣(ダイナスト・ブラス)」想要搶回來，卻被剛好經過的烏鴉叼走了。另外，在前兩部中的都是銅幣，在本作中卻是金幣（在最後被搶走的那枚）。